年，作为外籍人士的梅契尼柯夫在巴黎永久定居，担任了巴斯德研究所的主任。在巴斯德的影响下，梅契尼柯夫对法国产生了很强的归属感。细胞免疫理论的支持者将目光集中于巴黎和巴斯德研究所，巴斯德研究所自然就是细胞免疫理论的基地，细胞免疫学家也基本上都是法国人。但是，在德国，梅契尼柯夫的理论在早期就受到了猛烈的批判，首先是柏林的保罗·鲍姆加滕（PaulBaumgarten），接着是其他德国的病理学家。这种地理因素的派别之争在刚统一的德国内部也表现的非常尖锐。梅契尼柯夫理论的主要反对者包括保罗·鲍姆加滕、彼特尔（Bitter）、齐格勒（Ziegler）、克利思特马思-德克因克（Christmas-Dirckinck）、格奥尔·加夫基（GeorgGaffky）和埃默里赫（Emmerich），他们都是来自于柏林；还有来自于布雷斯劳的卡尔·魏格特（CarlWeigert）和来自于弗里德里希海姆的弗兰克（Frank），他们都在普鲁士。而那些支持梅契尼柯夫的德国人，包括来自于海德堡的赫斯（Hess）、来自于波恩的里贝特（Ribbert）和来自于慕尼黑的汉斯·布赫纳（HansBuchner），他们所在的地方都是德国历来反对普鲁士武力和霸权的地区。其他地方，包括意大利的加马来阿（Gamelaia）和班蒂（Banti）、维也纳的卡乐斯（Calus）都是支持梅契尼柯夫的。英国的学者们在这个问题上则保持中立，当然除了著名的亲法的罗德·李斯特，李斯特曾多次强调他的消毒理论要归功于巴斯德和梅契尼柯夫。
但是，细胞免疫理论与体液免疫理论之争主要还是在法国和德国之间，这也反映了当时两国之间的种族冲突。英国可以说是法国传统的敌人，这种对峙已经持续了多年，纷争是从英国的诺曼征服者的后人声称他们原有的土地甚至是法国的王位都是他们的时候开始的。当英国人被驱逐出欧洲大陆之后，他们的主要外交政策就是资助和支持欧洲的一些相对弱小的国家的联盟，包括德国联邦，以此来辖制强大的法国。另一方面，法国的一贯政策则是抑制大陆上会德语的反对者的发展壮大。德国也一直对法国的强大很不满，认为法国的阿尔萨斯地区应该是德国联邦的一部分。法国和德国联邦（尤其是普鲁士）之间的传统敌对关系持续了很长的时间，最终在-年的战争中法国战败，德国占领了阿尔萨斯地区，该地区从而处于普鲁士的管辖之下。
因此，免疫理论之争也变得不单纯起来，在法国普鲁士战争的影响下，科学的客观性显然也是受到了一定的挑战。比如，在此背景下，路易·巴斯德在年意外的收到了波恩大学的名誉MD（医学博士）学位，以此来讽刺巴斯德只是一名化学家，并不具有医学教育背景，却在医学界“指手划脚”。然后，巴斯德给波恩大学医学系的主任回了一封信，信中写道：“现在我看到那张羊皮纸（学位证书）就觉得特别恶心，一看到上面我的名字我就感到很生气，尤其是在下面还印有国王威廉的字样，这个名字对于我的国家来说就是一个诅咒……我的良心告诉我必须请你们在你们系的档案中将我的名字抹去，并将这份所谓的证书拿回去，作为一个法国的科学家我对某人不顾两国人民的利益，只为了满足自己的罪恶而虚伪的欲望而做出的此等行为表示强烈愤慨与谴责。”然后，巴斯德又收到了波恩大学医学系主任的回信，回信中说他“被要求用所有德国人对你的鄙视，回应你这个胆敢侮辱在英明的普鲁士威廉国王领导下的伟大的德国。”
还有比如在10年后，巴斯德和罗伯特·科赫在病因学、发病机制和炭疽病和其他疾病的预防方面的争论中，双方基本上都采用的是这种诽谤式的火药味浓重的攻击方式。而且，年发表的《德国皇室卫生部报告》的第一章可以被命名为“反巴斯德”，其中科赫还有他的学生洛夫勒（Loffler）和格奥尔·加夫基等对巴斯德的工作进行了严厉的批判。他们声称巴斯德培养的细菌的纯度不可能达到要求，因为巴斯德并不知道如何分辨化脓性弧菌（即使这种细菌是由他发现的），而且巴斯德的实验中有很多都是没有意义的。巴斯德在争论中也保持着他一贯的强硬态度，他在年远赴在日内瓦召开的国际卫生大会时就与科赫展开了面对面的争论。最终，巴斯德的炭疽病疫苗在著名的普利堡（Pouilly-Le-Fort）接种试验中证明确实有效，当时巴斯德特别兴奋，声称这个伟大的发现是属于法国的，他坚信他能取得最后的胜利。值得一提的是，另一个著名的关于抗原抗体结合反应本质的免疫学争论也是发生在法国和德国之间，双方分别是巴斯德研究所的朱尔斯·博德特（JulesBordet）和德国的保罗·埃利希（PaulEhrlich）。
正是在这种背景下，细胞免疫理论与体液免疫理论之争开始了。在当时很多的会议和期刊杂志中，我们不难发现当时的争论中包含的并不只是单纯的客观的科学争论，而且还有很多其他的因素存在。比如，梅契尼柯夫的批判者之一，阿贝尔（Abel）曾在他的一篇论文中提到“你的这种解释，作为我们德国的一方是不屑一顾的”。梅契尼柯夫对于这种说法非常愤怒，在他后来的一本书中就要求阿贝尔收回这种非科学性质的民族主义论调。
另外，保罗·德·克鲁伊夫（PauldeKruif）在他的专著《微生物捕猎者（MicrobeHunters）》中甚至认为免疫学的这场纷争对于第一次世界大战的爆发也起着一定的推动作用。但是不管怎么说，从一定角度来看，这场纷争是年法国和普鲁士战争的某种延续的说法应该是有一定道理的。
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